醫療級基因檢測結果會更準確嗎
在疾病尤其是癌癥發病率和死亡率居高不下、健康管理意識日漸增強、居民消費能力顯著提升的當下,基因檢測已被公認為是朝陽賽道。
基因檢測市場主要分為消費級基因檢測產品和醫療級基因檢測產品。醫療級基因檢測解決的問題報告、疾病的診斷和治療、出生缺陷的預防、不孕不育和優生優育。我們主要說的是遺傳病檢測領域。
大家一聽到基因檢測都會有疑問“這也可以檢測么?”、“基因檢測是智商稅嗎?”、“基因檢測到底準確嗎?”……
那么,都2022年了,基因檢測到底是更精確還是依舊是智商稅?
遺傳病檢測領域
基因是遺傳的基本單位,通過決定蛋白質的表達進而影響人類的生老病死,隨著細胞分裂基因也在不斷的復制,復制過程中會引入一些錯誤,即變異,大部分變異是良性的,但也會有極少的變異是致病性的,若變異存在于生殖腺中,就有可能遺傳給下一代,即遺傳性疾病。
基于檢測目的可分為診斷和篩查兩大類:
診斷
即為遺傳病患者遺傳病因的分析,直接面向患病人群。首要解決的問題是解答病人究竟得了什么病,接下來根據疾病的遺傳學診斷結果做出診療方案。但是目前大多數遺傳病還沒有精準治療的方案,尚處于對癥治療的階段。腫瘤用藥的選擇目前是基因檢測精準治療的一個主要應用方向。對于無法治療的遺傳病,除了診斷,基因檢測診斷結果明確的患者可通過第三代試管嬰兒的技術阻斷遺傳變異向下一代的傳遞。
篩查
即為對目標疾病或變異的檢測,面向的是正常人群或者尚未發病的人群。比如遺傳病攜帶者篩查,人并非有了致病變異就會得病,常染色體隱性遺傳病和X連鎖隱性遺傳病需要攜帶純和或者復合雜合致病變異才會發病,雜合變異僅為攜帶者,本人不會患病,但若配偶也為相同基因致病變異攜帶者,后代則有患病的風險,通過攜帶者篩查結合第三代試管嬰兒技術即可避免部分遺傳病患兒的出生,達到優生優育的目的;又比如新生兒遺傳代謝病篩查,部分攜帶遺傳代謝病致病突變的新生兒可能尚未發病,若提早發現,早干預,早治療,可避免出現不可逆的損傷。
變異致病性的解讀
這是目前基因檢測最關鍵的部分,需要綜合大量信息,主要分為3個方面:
正常對照人群的數據患者病例研究的資料分子遺傳學的基礎知識
1.正常對照人群數據
正常對照人群數據,致病變異出現的概率是較低的,同時患病人群的生存生育能力相對較差,所以致病變異在正常人群中大量積累的可能性是很低的,也就是說若一個變異在正常人群中的頻率較高,那么大概率那個變異是良性的,隨著基因組學的推進,此數據庫越來越豐富,最初的千人基因組數據庫有1,252份數據,具體到人種僅252個東亞人的數據,而現在常用的gnomAD數據庫()有125,748份全外顯子數據和15,708份全基因組的數據,其中有近萬例東亞人的數據,良性變異的解析能力大大提升。數據庫不止容量在增大,分析內容也越來越豐富,以前僅有點突變的數據,隨著全基因組數據的增多和全外顯子算法的精進,還增加了人群基因組結構變異、基因無功能變異和錯義變異致病性等分析內容。
2.患者病例研究資料
除了正常人群數據庫,患病人群的文獻、數據庫資料也在不斷的積累,截至2021年11月13日,ClinVar數據庫()已有1,873,752條變異記錄,極大的增強了變異致病性評估的能力(每個人身上都會有很多的變異,并且在不停的產生變異,變異的解讀需要文獻和數據庫的證據支持,一個沒有文獻數據庫記錄的錯義突變是很難確定其致病性的,僅能評級為臨床意義未知,需要結合受檢者的疾病家族史才有進一步提升的可能,然后大多這類變異都只能等待研究資料的報道,積攢到足夠的證據后才能進行致病性的定性)。ClinGen數據庫專家組已經發布了2852個變異的致病性評級,可以直接使用。OMIM數據庫()每個月都會有數十個新的基因公布。所有這些不斷更新的數據庫文獻資料都在不斷的增強變異的解讀能力。
3. 分子遺傳學的基礎知識
隨著基因檢測應用的普及,對于分子遺傳學的理解也在不斷的加深,最明顯的是行業規范指南的發布和普及,2015年發布的ACMG指南僅為一個框架,應用上只有經驗豐富的從業者才能駕馭,以無功能變異為例,2015年的指南僅數十文字的陳述,而現今有成套的體系流程。
2015年ACMG無功能變異操作描述
目前ACMG無功能變異操作描述
總結
隨著正常人群數據庫和患者病例文獻數據庫資料的豐富,以及對遺傳病知識了解程度的加深,基因檢測的準確性已經大幅度的提高,但還有很多問題尚待解決,需要行業同仁繼續努力。大家也可信任醫療級基因檢測的報告,相信未來的醫療會更加先進。